El primer municipio de Vágar se fundó en 1911 e incluía toda la isla del mismo nombre. Fue de corta duración, pues en 1915 se dividió en cuatro: Miðvágur, Sandavágur, Sørvágur y Bøur.
El municipio de Vágar se formó el 1 de enero de 2009 con la fusión de los municipios de Miðvágur y Sandavágur y a diferencia del primero, sólo incluyó la parte oriental de la isla, ya que la porción occidental pertenece al municipio de Sørvágur.