Varias islas como Alcatraz, isla Treasure, la vecina isla de Yerba Buena, y pequeñas partes de la isla de Alameda, la isla Roja y la isla Ángel forman parte de la ciudad.
San Francisco está ubicado en la costa oeste de los Estados Unidos, en la punta de la península de San Francisco e incluye importantes tramos del océano Pacífico y la bahía de San Francisco dentro de sus fronteras.
En el día de hoy 9 de Febrero de 2019, hace escala en este puerto el crucero MSC Magnifica que se encuentra dando la vuelta al mundo.