En el año 1688 se produce una gran explosión en los depósitos de pólvora del Castillo de la Mota, que se encontraban en la parte trasera del edificio, y la iglesia resulta profundamente afectada. Las obras de reconstruncción comenzaron en el año 1743 a partir del proyecto de los arquitectos Pedro Ignacio Lizardi y Miguel de Salazar, proyecto que es el que hoy día podemos apreciar.
La Basílica de Santa María del Coro de Donostia – San Sebastián ocupa el espacio que en un tiempo ocupaba una iglesia románica de los siglos XII y XIII mandada construir por los reyes de Navarra y que entre los años 1522 y 1560 fue ampliada en estilo gótico y renacentista por los Austrias, reyes de España.