Las piedras y columnas del templo se reutilizaron para la iglesia ubicada en el noreste de la ciudadela, construida entre los siglos V-VI. Se levantó para satisfacer las necesidades espirituales de la pequeña comunidad cristiana, que hizo de la ciudadela su residencia habitual y lugar de trabajo.
En el periodo omeya, el material de la edificación romana se reutilizó para levantar un palacio y oficinas, en el mismo recinto que podría haber ocupado un segundo templo romano. Sirvió de cuartel general del gobernador principal, nombrado por los califas omeyas de Damasco.
El Templo de Hércules, la edificación romana más significativa, se contruyó, según reza una inscripción, siendo Geminius Marcianus gobernador de la provincia de Arabia (162-166 d.C), dedicado a los co-emperadores Marcus Aurelius y Lucius Verus. No fue el primer santuario en alzarse en la zona, ya que se han encontrado restos de un santuario que data de la Edad del Hierro, probablemente dedicado al dios amonita Milcom. Asimismo, se cree que la gran roca expuesta en el centro del Tempo de Hércules forma parte de un santuario anterior.