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Hasta el momento, los estudios realizados en el Madidi han confirmado que es el área protegida con mayor diversidad biótica gracias a la presencia de 867 especies de aves, 156 especies de mamíferos, 84 especies de anfibios, 71 especies de reptiles y 192 especies de peces que representan el 50 por ciento de los vertebrados de todo el país. Este porcentaje puede aumentar significativamente cuando se realicen mayores estudios en el área, ya que también se tienen datos sobre especies de presencia probable que alcanzan a 707 especies de vertebrados adicionales, con lo que la representatividad de vertebrados en el país aumenta a 76 por ciento.