La basílica está controlada por los ortodoxos griegos. Está diseñada como una basílica romana genérica, con tres naves y un ábside. Aunque en la actualidad se encuentra bastante deteriorada, en su día contó con mosaicos dorados que cubrían las paredes laterales, así como con un suelo de estilo romano que fue cubierto posteriormente
La Basílica de la Natividad es uno de los templos cristianos en uso más antiguos. El edificio original fue construido por el obispo Makarios de Jerusalén, por órdenes del Emperador Romano Constantino I en el año 325. En el año 529, durante la rebelión de los samaritanos, fue quemado y destruido completamente.