...de consumada la Independencia mejicana, la Isla y el Castillo continuaron en poder de los españoles, los cuales hostilizaban con ocasionales bombardeos a las fuerzas del Gobierno que se hallaba en tierra. Al cabo de dos años los españoles entregaron la isla el día 23 de Septiembre de 1825.
En el siglo XIX se convirtió en presidio. Muchos políticos terminaron sus vidas prisioneros entre los muros de San Juan de Ulúa. Con este fin fue utilizado por los gobiernos de Santa Ana, Porfirio Díaz y Huerta. Aquí estuvo detenido en 1853
Benito Juárez. Luego, en su calidad de Presidente vivió en la Casa del Gobernador. También pasaron por allí Itúrbide, el malogrado emperador Maximiliano y su esposa, Porfirio Díaz etc.
En 1915, Venustiano Carranza firma una orden presidencial en la cual se estipula que en los siguientes 100 años ningún gobierno podrá utilizar San Juan de Ulúa como prisión. Actualmente está convertido en museo bajo la custodia del INAH.