Después de un período de expansión hacia el 1300 a.C., fue destruida durante la invasión persa del 525 a.C. y de nuevo en el 343 a.C. Tras la fundación de Alejandría, la ciudad quedó marginada y fue despoblándose lentamente. Hacia el siglo I a.C. era ya una ciudad prácticamente deshabitada.
Considerada una de las tres ciudades más importantes del Antiguo Egipto, Heliópolis estaba situada al nordeste de la ciudad de El Cairo, un poco alejada de la ribera occidental del Nilo, pero conectada a él mediante un canal.