El municipio está situado a 57 km al norte de la capital provincial, en la comarca del Alto Ampurdán; en el límite entre Catalunya y Francia, junto a la comarca francesa del Vallespir. Desde el siglo XIII y hasta el fin del régimen señorial, a mediados del siglo XIX, fue posesión de los Rocabertí. El Tratado de los Pirineos en 1659 situó la nueva frontera entre las monarquías hispánica y francesa en la sierra del Albera, hecho que marcó la historia posterior de la Jonquera.