Buena pregunta titee, acabo de hacer unas cuantas pruebas y me he dado cuenta que GE por defecto siempre superpone la capa mas reciente sobre las anteriores.
Tampoco he encontrado ningún método para dar prioridades a una capas sobre otras (como, por ejemplo en las configuraciones de impresion de microstation).
A mi se me ocurre que al momento de generar el kml/kmz que el orden de generación de los poligonos sea inverso al de jerarquia de visualización (vamos, que primero se generen los shapes de municipios y luego los de info de municipio).
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