Su última erupción fue entre unos 2,6 y 3,1 millones de años. Estuvo cubierto por una capa de hielo durante miles de años. Esto ha dado como resultado unas laderas muy erosionadas y numerosos valles que radian del centro. Hay actualmente 11 pequeños glaciares. Las laderas cubiertas de bosques son una importante fuente de agua para gran parte de Kenia.
El monte Kenia es un estratovolcán creado aproximadamente hace 3 millones de años después de la apertura del rift del este de África. Está inactivo, aislado, y no forma parte de ninguna cadena montañosa o cordillera.