La construcción inicial del puerto comenzó en 1978 como parte del desarrollo económico de los EAU. Las operaciones completas comenzaron en 1983. Desde entonces, el Puerto se ha embarcado en un proceso continuo de mejora tanto de sus instalaciones como de su amplia gama de funciones. En la actualidad también es utilizado para el amarre de cruceros que navegan por los paises Arabes.
El puerto de Fujairah es el único puerto de usos múltiples en la costa este de los Emiratos Árabes Unidos, aproximadamente a 70 millas náuticas del estrecho de Hormuz.