Tenía su sede en el donostiarra Museo de San Telmo, ampliándose las instalaciones en 1979 con una de las torres de Arbide, en el parque de Miramón, en Aiete. En esta torre se ubicaron los departamentos de Ciencias Naturales y Etnografía hasta el año 2008.
Sede de la Sociedad de Ciencias Aranzadi, Ayete, Donostia - San Sebastián
Sus objetivos son la investigación, aplicación y difusión de las ciencias en el País Vasco, especialmente en el campo de las Ciencias Naturales y la Antropología, así como la protección del Patrimonio Cultural y Natural.
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