Solucionado, pongo aqui el problema por si le sucede a alguien mas.
Se trata de los drivers de nvidia con linux, la versión 1.0.8776-r1 da problemas con la tarjeta GeForce 6150 se solucionó instalando la version de drivers 1.0.9755-r1.
Tengo el programa instalado en dos ordenadores, los dos con GENTOO y en uno de ellos va perfecto y en el otro me desordena los mapas de manera que es practicamente imposible utilizarlo.
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